Badania naukowe koncentrują się na technologicznych zagadnieniach produkcji bezodpadowej w przemyśle spożywczym, otrzymywaniu wysokiej jakości wyrobów spirytusowych, produkcji drożdży paszowych w oparciu o wykorzystanie surowców lignocelulozowych, optymalizacji biosyntezy przemysłowej.
We współpracy z partnerami przemysłowymi prowadzimy badania nad udoskonalaniem technologii produkcji piwa, pieczywa, wina i miodów pitnych i poszukujemy alternatywnych surowców. Szczególne miejsce zajmują aspekty bezpieczeństwa mikrobiologicznego żywności i nowoczesne metody monitorowania czystości mikrobiologicznej środowiska jej produkcji. Instytut jest jedną z wiodących w kraju jednostek badawczych w obszarze żywności fermentowanej, bakterii probiotycznych, prebiotyków i synbiotyków.
