Instytut Technologii Fermentacji i Mikrobiologii współpracuje z otoczeniem naukowym i przemysłowym w następujących obszarach:
Wykorzystania biotechnologii na rzecz zrównoważonych produktów i procesów m.in. wytwarzania bioproduktów o wysokiej wartości dodanej, koncepcji bioprocesów, biorafinerii i biokatalizy; nowych i udoskonalonych mikroorganizmów oraz związanych z nim produktów i procesów; czystszego bioprzetwarzania, wykorzystania odpadów rolnoprzemysłowych i produktów ubocznych.
Bezpieczeństwa i jakości żywności, jak również tradycyjnych aspektów żywności i pasz, zaburzeń dietozależnych, w tym otyłości i alergii u dzieci oraz dorosłych; poszerzania wiedzy na temat zdrowotnych składników i właściwości produktów żywnościowych; innowacyjnych technologii obróbki żywności i paszy; podnoszenia chemicznej i mikrobiologicznej jakości żywności; autentyczności żywności oraz tworzenia nowych składników i produktów.
