Ważnym kierunkiem działalności Instytutu jest biotechnologia środowiska, a szczególnie zagospodarowanie biomasy odpadów przemysłu spożywczego. Prace z tego zakresu obejmują: wytwarzanie preparatów prebiotycznych, otrzymywanie nowych podłoży fermentacyjnych, selekcję szczepów o zdolnościach do wzrostu na podłożach o zróżnicowanych profilach cukrowych, dobór warunków prowadzenia procesów jednoczesnego scukrzania i fermentacji surowców lignocelulozowych oraz usuwanie metali ciężkich z zanieczyszczonych wód przez drożdże browarnicze. Rozwój przemysłu paszowego, dostarczającego wysokobiałkowych preparatów wspomagających wydajną hodowlę zwierząt zwiększa zapotrzebowanie na biomasę drożdży, co rodzi potrzebę badań nad doskonaleniem ekonomicznie uzasadnionych technologii ich produkcji. W odpowiedzi na oczekiwania inwestorów prowadzimy prace badawczo-wdrożeniowe, dotyczące doskonalenia technologii biomasy drożdży na cele paszowe, oparte na wykorzystaniu odpadów rolniczych oraz przemysłowych. Zakres prowadzonych przez nas prac obejmuje dobór szczepów drożdży, optymalizację etapów przygotowania surowca oraz namnażania drożdży, jak i ocenę jakości produktu gotowego. Braliśmy udział w projektowaniu linii technologicznej oraz we wdrożeniu niskoodpadowej skojarzonej technologii produkcji drożdży paszowych i etanolu z surowców lignocelulozowych.