Instytut Technologii Fermentacji i Mikrobiologii współpracuje z krajowymi jednostkami naukowymi:
- Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego im. Prof. Wacława Dąbrowskiego – Państwowy Instytut Badawczy, Zakład Technologii i Techniki Chłodnictwa, Łódź
- Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych Polskiej Akademii Nauk, Łódź
- Instytut Biotechnologii Surowic i Szczepionek Biomed S.A., Łódź
- Instytut “Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka”
- Uniwersytet Humanistyczno-Przyrodniczy im. Jana Długosza w Częstochowie, Wydział Nauk Ścisłych, Przyrodniczych i Technicznych
- Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy, Wydział Nauk Biologicznych
- Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności
- Uniwersytet Medyczny w Łodzi